Indonésie je republikou s prezidentským systémem. Jelikož jde o unitární stát, politickou moc drží centrální vláda. Po Suhartově rezignaci v roce 1998 prodělaly ústavní instituce významnou proměnu. Čtyři dodatky k ústavě z roku 1945 transformovaly postavení zákonodárné, výkonné i soudní moci. Prezident je hlavou státu, stojí v čele ozbrojených složek, vede domácí vládu a formuluje domácí a zahraniční politiku. Jmenuje radu ministrů, kteří nemusí být zvolenými členy legislativních orgánů. Ve volbách konaných v roce 2004 volili lidé prezidenta a viceprezidenta poprvé přímo. Prezident může být zvolen nejvýše na dvě pětiletá funkční období.
Nejvyšším zákonodárným tělesem je Lidové konzultativní shromáždění. Jeho hlavním úkolem je podpora a doplňování ústavy, inaugurace prezidenta a formalizace státní politiky. Má rovněž právo odvolat prezidenta. Tvoří jej dvě komory, Lidová reprezentativní rada o 560 členech a Regionální reprezentativní rada o 132 členech. Lidová reprezentativní rada schvaluje zákony a kontroluje exekutivu. Je volena občany na základě systému poměrného zastoupení. Reformy z roku 1998 výrazně zesílily její postavení v politickém systému Indonésie. Regionální reprezentativní rada je novou komorou zřízenou za účelem řešení regionálních témat.
Soukromoprávní spory jsou řešeny před Státními soudy a odvolání před Vrchním soudem. Nejvýše postaveným indonéským soudem je Nejvyšší soud, který rozhoduje o kasačních stížnostech vůči rozsudkům Vrchního soudu. Dalšími soudními orgány jsou Obchodní soud zabývající se bankroty a insolvencemi, Státní správní soud řešící správní spory namířené vůči fungování veřejné moci a Ústavní soud rozhodující o ústavnosti a legálnosti zákonů, voleb, rozpuštění politických stran a pravomocích státních orgánů. Náboženský soud rozhoduje některé věci týkající se náboženství. |